Főbb különbség: Az atomok az alapegységek, amelyekből minden anyag készül. Az atomok apróak, 0, 1 és 0, 5 nanométer szélesek. Minden elem minden atomját protonok, neutronok és elektronok alkotják. A különböző elemek atomjai összeállnak, hogy molekulákat készítsenek. Ez kémiai reakción keresztül történik. A molekula a kémiai anyag legkisebb mennyisége, amely létezhet.
Az elem egy tiszta kémiai anyag, amely egy vagy több típusú atommal rendelkezik, az atomszám alapján. Az atomi szám az elem magjában lévő protonok számából származik. Összesen 118 azonosított elem van, amelyek a fém, a metalloidok és a nemfémek között oszlanak meg. Minden elemnek saját tulajdonsága van. A legtöbb elem elérhető a földön, míg néhányat mesterségesen fejlesztettek ki nukleáris reakciók révén. Egy elem már a legfrissebb formában van, és nem lehet tovább bontani. Az összes elem megtalálható az Periódusos táblázatban, melyet atomszámmal találunk.
Minden elem minden atomját protonok, neutronok és elektronok alkotják. A protonok és a neutronok alkotják az atom magját, és az atom közepén helyezkednek el. A magot egy elektronfelhő veszi körül, amely egy elektromágneses erővel kapcsolódik a maghoz. Az elektronok negatív töltéssel rendelkeznek, és így vonzódnak a maghoz, mivel a magokban lévő protonok pozitív töltéssel rendelkeznek. A neutronok viszont nem rendelkeznek töltéssel.
Az atomokban lévő protonok, neutronok és elektronok száma határozza meg, hogy melyik elem. Például: Egy vas atom 26 proton, 30 neutron és 26 elektron. A vas minden atomja ennek a konfigurációnak felel meg.
A különböző elemek atomjai összeállnak, hogy molekulákat készítsenek. Ez kémiai reakción keresztül történik. Például: két hidrogénatom és egy oxigénatom kombinálódik a vízmolekula előállításához.
A molekulák nagyon különböző tulajdonságokkal rendelkezhetnek, mint az általuk előállított elemek. Például: a víz nagyon eltérő módon viselkedik, mint az oxigén vagy a hidrogén, bár két hidrogénatomból és egy oxigénatomból áll.
Továbbá egy atom nem létezhet függetlenül a természetben anélkül, hogy valamihez kötődne. Soha nem találunk egyetlen oxigénatomot vagy egyetlen szénatomot. Mindig olyan anyaggal van összekötve, mint az O2 (oxigén) vagy a CO2 (szén-dioxid). Amikor molekulához kötődik, a molekula a természetben függetlenül létezhet, ezért mindig találunk egy oxigénmolekulát, egy szén-dioxid molekulát, egy víz molekulát (H2O) stb.
Egy molekulában az atomok egy adott alakban vagy formában vannak egymáshoz ragasztva. Ez főleg attól függ, hogy hány kötést hoz létre az atom. Atomok molekulákat képeznek kémiai kötések kialakításával. Az oxigénatomok mindig két kötéssel rendelkeznek más atomokkal, a szénatomok mindig négy kötéssel rendelkeznek más atomokkal, és a nitrogénatomok mindig három kötéssel rendelkeznek más atomokkal. Ennek köszönhetően egy adott molekula típusnak mindig van egy különleges alakja, mint például ötszög, hatszög, oldalsó, kétoldali stb.
A molekulák mindig csoportosulnak, formációjuk az állapotától függően. Mint például egy gázállapotban, a molekulák általában csak köröznek. Folyékony állapotban a molekulák hajlamosak lazán csoportosulni, hogy még mozoghassanak. Míg szilárd állapotban a molekulák szorosan össze vannak csomagolva és csak rezghetnek.
A molekulák általában molekuláris képletben vannak jelen. Például: O2, H2O, CO2, C6H12O6 (cukor). A molekuláris képlet az elem neve, amelyet az adott elem atomjainak száma követi a molekulában.