Főbb különbség: A katolikus Biblia tartalmazza az Ószövetség negyvenhat könyvet (amely tartalmazza az Apocrypha hét könyvet) és az Újszövetség huszonhét könyvet. A protestáns biblia csak az Ószövetség harminchét könyvet és az Újszövetség huszonhét könyvet tartalmazza.

A katolikus és a protestáns egyházak közötti nagy különbség a biblia iránti hitük. A katolikusok a Bibliát úgy tekintik, mint az Egyház és a hagyomány egyenlő hatalmával, míg a protestánsok a Bibliát a hit és a gyakorlat legfelsőbb hatalmának tekintik.
Meg kell jegyezni, hogy a Biblia nem csak egy könyv; ez egy könyv gyűjteménye az írásoktól a történelmi eseményekhez. Jézus életeiről, apostoljairól és életéről szóló történetek könyvtára, miután Jézus a kereszten meghalt. A 4. század végén ezek a különböző kötetek és történetek egy kötetbe kerültek, ami lényegében a modern biblia, ahogyan ezt tudjuk. A modern Biblia két részből áll: az Ószövetségből és az Újszövetségből.
Mind a katolikus, mind a protestáns biblia ugyanazon formátumban tartalmazza az Újszövetséget. A különbség az Ószövetségben merül fel. Az Ószövetség a protestáns Bibliában foglaltak szerint a doktrínák vagy könyvek kanonizálására került sor. A Canonizálás egy olyan folyamat, amely kiválasztja, mely könyvek maradjanak, és a Bibliába kell tartozniuk, és amelyeket ki kell zárni. A protestáns biblia csak azokat a könyveket tartalmazza, amelyeket Isten szavának tekintettek. A „férfi” által írt könyveket és történeteket kizárták. Ez a kanonizációs folyamat évszázadokig tartott.
Az Ószövetség az eredeti Bibliában a zsidó Szentírás görög fordításán alapult, amelyet Septuagintnak neveztek. Körülbelül 100 AD, a zsidó rabbik felülvizsgálták Szentírásukat, és hivatalos zsidó kánont hoztak létre, amely kizárta a görög Septuagint néhány részét.
A levett könyvek Tobit, Judith, 1 Maccabees, 2 Makkabeus, Bölcsesség (Salamon), Sirach és Baruch. A meglévő könyvek egy részét eltávolították, köztük a Zsoltárok 151-es Zsoltárát, az Eszter könyvének részeit, Susannát (Dánielről a 13. fejezetben), és Bel-t és a Sárkányt (Dánielről a 14. fejezetben).

A római katolikus egyház azonban nem követte a protestánsok lépéseit, és folytatta az Ószövetség alapját a Septuaginton. Tehát alapvetően a katolikus Biblia még mindig tartalmazza az Ószövetség eredeti, negyvenhat könyvet (amely magában foglalja az Apocrypha hét könyvet) és az Újszövetség huszonhét könyvet. A protestáns biblia viszont az Ószövetség harminchét könyvet és az Újszövetség huszonhét könyvét tartalmazza.