Főbb különbség: Az atomok az alapegységek, amelyekből minden anyag készül. A különböző elemek atomjai összeállnak, hogy molekulákat készítsenek. Ez kémiai reakción keresztül történik. A molekula a kémiai anyag legkisebb mennyisége, amely létezhet. Lényegében egy vegyület molekula típus. A molekula két vagy több azonos elemből álló atomból vagy két vagy több különböző elemből álló atomból állhat. A vegyületek azonban olyan molekulák, amelyek különböző molekulák atomjaiból állnak.

Az atomok az alapegységek, amelyekből minden anyag készül. Az atomok apróak, 0, 1 és 0, 5 nanométer szélesek. Annyira apróak, hogy még mikroszkópon keresztül sem láthatók. Sokféle atom létezik. Minden atomnak egyedi neve, tömege és mérete van. Az atomok különböző típusait elemeknek nevezik. Minden elem minden atomját protonok, neutronok és elektronok alkotják.

Az elem egy tiszta kémiai anyag, amely egy vagy több típusú atommal rendelkezik, az atomszám alapján. Az atomi szám az elem magjában lévő protonok számából származik. Összesen 118 azonosított elem van, amelyek a fém, a metalloidok és a nemfémek között oszlanak meg. Minden elemnek saját tulajdonsága van. A legtöbb elem elérhető a földön, míg néhányat mesterségesen fejlesztettek ki nukleáris reakciók révén. Egy elem már a legfrissebb formában van, és nem lehet tovább bontani. Az összes elem megtalálható az Periódusos táblázatban, melyet atomszámmal találunk.

A különböző elemek atomjai összeállnak, hogy molekulákat készítsenek. Ez kémiai reakción keresztül történik. Például: két hidrogénatom és egy oxigénatom kombinálódik a vízmolekula előállításához.

A molekula a kémiai anyag legkisebb mennyisége, amely létezhet. Mint például a legkisebb vízmennyiség a víz vagy a H20 molekula. Különböző atomokból készül; így elkülöníthető a különböző atomokba.

A molekulák nagyon különböző tulajdonságokkal rendelkezhetnek, mint az általuk előállított elemek. Például: a víz nagyon eltérő módon viselkedik, mint az oxigén vagy a hidrogén, bár két hidrogénatomból és egy oxigénatomból áll.

Továbbá egy atom nem létezhet függetlenül a természetben anélkül, hogy valamihez kötődne. Soha nem találunk egyetlen oxigénatomot vagy egyetlen szénatomot. Mindig olyan anyaggal van összekötve, mint az O2 (oxigén) vagy a CO2 (szén-dioxid). Amikor molekulához kötődik, a molekula a természetben függetlenül létezhet, ezért mindig találunk egy oxigénmolekulát, egy szén-dioxid molekulát, egy víz molekulát (H2O) stb.

Egy molekulában az atomok egy adott alakban vagy formában vannak egymáshoz ragasztva. Ez főleg attól függ, hogy hány kötést hoz létre az atom. Atomok molekulákat képeznek kémiai kötések kialakításával. Az oxigénatomok mindig két kötéssel rendelkeznek más atomokkal, a szénatomok mindig négy kötéssel rendelkeznek más atomokkal, és a nitrogénatomok mindig három kötéssel rendelkeznek más atomokkal. Ennek köszönhetően egy adott molekula típusnak mindig van egy különleges alakja, mint például ötszög, hatszög, oldalsó, kétoldali stb.

A molekulák mindig csoportosulnak, formációjuk az állapotától függően. Mint például egy gázállapotban, a molekulák általában csak köröznek. Folyékony állapotban a molekulák hajlamosak lazán csoportosulni, hogy még mozoghassanak. Míg szilárd állapotban a molekulák szorosan össze vannak csomagolva és csak rezghetnek.

A molekulák általában molekuláris képletben vannak jelen. Például: O2, H2O, CO2, C6H12O6 (cukor). A molekuláris képlet az elem neve, amelyet az adott elem atomjainak száma követi a molekulában.

Lényegében egy vegyület molekula típus. A molekula két vagy több azonos elemből álló atomból vagy két vagy több különböző elemből álló atomból állhat. A vegyületek azonban olyan molekulák, amelyek különböző elemek atomjaiból állnak. Ezért elmondható, hogy minden vegyület molekula, de nem minden molekula vegyület.

Tehát hidrogén (H2), oxigén (O2), nitrogén (N2), víz (H2O), szén-dioxid (CO2) és metán (CH4) mind molekulák. Azonban csak a víz (H2O), a szén-dioxid (CO2) és a metán (CH4) vegyületek, a többiek nem.